Die Stiftung Lesen steht unter der Schirmherrschaft des Bundespräsidenten. Zur Geschäftsführung gehören Hauptgeschäftsführer Dr. Jörg F. Maas, Sabine Uehlein (Geschäftsführerin Programme) und Andrea Bartl (Kaufmännische Geschäftsführerin).
Der achtköpfige Vorstand steht unter Vorsitz von Dr. Gerd Landsberg. Dem Stiftungsrat gehören diejenigen Verbände und Organisationen an, die die Stiftung inhaltlich und programmatisch unterstützen und ihre Arbeit begleiten. Zum Stifterrat gehören Verbände, Organisationen, Unternehmen und Personen an, die für das Vermögen der Stiftung einen einmaligen, festgelegten Beitrag zur Verfügung stellen oder der Stiftung über einen längeren Zeitraum – mindestens jedoch drei Jahre – jährlich einen definierten Betrag zuwenden. Das Kuratorium berät die Stiftung in der Ausrichtung ihrer Programmarbeit und unterstützt sie darin, Akteur*innen aus Politik, Wirtschaft und Gesellschaft für ihre Ziele zu gewinnen. Der Qualitätsbeirat aus externen Expert*innen berät die Stiftung Lesen bei der Entwicklung ihrer Projektmaterialien. Eine wissenschaftliche Beratungsgruppe setzt inhaltliche Impulse für die Forschungs- und Programmarbeit, indem sie die Stiftung Lesen bei der Identifizierung neuer Trends und Themen im Bereich Lese- und Medienkompetenz begleitet.